Apotheken aus anderen EU-Mitgliedsländern können deutsche Krankenhäuser nur eingeschränkt beliefern. Deshalb hat die EU-Kommission beschlossen, Deutschland vor dem Europäischen Gerichtshof zu verklagen. Deutsche Krankenhäuser können Arzneimittel praktisch nur über Apotheken beziehen, die in der Region ansässig sind. Die EU-Kommission sieht darin eine Beeinträchtigung des freien Warenverkehrs.
Nachteile haben die neuen deutschen Vorschriften auch für die versorgenden Apotheken. Diese sind verpflichtet, Arzneimittel unverzüglich zu liefern. Der Leiter der Apotheke muss das Krankenhauspersonal persönlich beraten und Mitglied der Arzneimittelkommission des Krankenhauses sein. Dieser Grundsatz der „Versorgung aus einer Hand“ führt zu einer „versteckten“ regionalen Versorgung.
Nach Auffassung der EU-Kommission sind die deutschen Rechtsvorschriften nicht mit den Bestimmungen von Artikel 28 EG-Vertrag über den freien Warenverkehr vereinbar. Die Kommission fordert deshalb eine Aufspaltung in Einzelverträge. Dabei sollen unterschiedliche Aufgaben an verschiedene Auftragnehmer übertragen werden. Die EU-Kommission hat keine Bedenken, dass dies die Qualität der Versorgung beeinträchtigen könnte. Die Anrufung des Europäischen Gerichtshofs ist der letzte Schritt im eingeleiteten Vertragsverletzungsverfahren.